由于光合細(xì)菌屬于厭氧菌，所以在缺氧的砂層中凈化作用更加明顯。在條件適宜的環(huán)境中，光合細(xì)菌菌體重量增加一倍的時(shí)間僅需半小時(shí)，因此利用光合細(xì)菌凈化水質(zhì)和底砂可以收到立竿見影的效果，目前市場上出售的光合細(xì)菌主要是紫色無硫菌，它包括莢膜紅、沼澤紅、球形紅菌等?，F(xiàn)在市場上又出現(xiàn)了綠色的光合細(xì)菌，主要為綠色無硫菌。將紅色光合細(xì)菌與綠色光合細(xì)菌合并使用效果更佳。

光合細(xì)菌使用方法如下：

一、適時(shí)使用

使用光合細(xì)菌的適宜水溫為15℃～40℃，最適水溫為28℃～36℃，因而宜掌握在水溫20℃以上時(shí)使用。注意陰雨天勿用。

二、與肥配用

在池塘施用糞肥或化肥時(shí)，配合施用光合細(xì)菌效果更為明顯。尤其可避免化肥用量過大、水質(zhì)難以把握的缺點(diǎn)，并可防止藻類老化造成水質(zhì)變壞。

三、視水質(zhì)使用

要根據(jù)水質(zhì)肥瘦情況使用光合細(xì)菌。水肥時(shí)施用光合細(xì)菌可促進(jìn)有機(jī)污染物的轉(zhuǎn)化，避免有害物質(zhì)積累，改善水體環(huán)境和培育天然餌料，保證水體溶氧；水瘦時(shí)首先施肥再使用光合細(xì)菌，這樣有利于保持光合細(xì)菌在水體中的活力和繁殖優(yōu)勢，降低使用成本。此外，酸性水體不利于光合細(xì)菌的生長，應(yīng)先施用生石灰，調(diào)節(jié)pH值后再使用光合細(xì)菌。

四、酌量使用

光合細(xì)菌用于魚池水質(zhì)凈化時(shí)，水溫20℃以上期間，每立方米水體用2～5克光合細(xì)菌拌粉碎的干肥泥均勻撒于魚池，以后每隔20天每立方米水體用1～2克光合細(xì)菌兌水全池潑灑。用于蝦池水質(zhì)凈化時(shí)，水溫20℃以上期間，每立方米水體用5～10克光合細(xì)菌拌肥泥均勻撒于蝦池，以后每隔20天每立方米水體用2～10克光合細(xì)菌兌水全池潑灑。用于飼料添加投喂魚蝦時(shí)，以飼料投喂量的1%拌入，直接或加工后投喂（不受溫度或壓力影響）。用于疾病防治時(shí)，可連續(xù)定期使用，魚池每立方米水體用1～2毫升，蝦池每立方米水體用5～10毫升，兌水全池潑灑。

五、避免與消毒殺菌劑混施

光合細(xì)菌制劑是活體細(xì)菌，藥物對它有殺滅作用，不可與消毒殺菌劑同時(shí)使用。水體消毒后須經(jīng)1周后方可使用，使光合細(xì)菌在水體中產(chǎn)生優(yōu)勢競爭性，抑制有害菌生長。