光合細菌可作為果蔬保鮮劑，能抑制病菌引起的病害，對密桔和西瓜等的保藏有良好的作用,光合細菌防止病害的主要原因是因為它具有殺菌作用,能抑制其他有害菌群及病毒的生長；同時可防治魚蝦疾病，如鯉魚的鰓腐病，穿孔病、蝦的紅腿病，黑鰓病，并能激活機體的免疫系統(tǒng)，提高動物的免疫能力。