1.物理方法：
物理除藻方法大體可分為工程除藻和直接物理除藻。
⑴工程除藻
主要是采用引水換水、底泥疏浚、圍隔攔截等工程。
①引水換水??用“以清釋污”方法對污染水體進行稀釋，可以使水體富營養(yǎng)化關鍵性水質指標總磷和有機物污染指標、高錳酸鹽指數濃度等有所下降。但對于蓄水量較大的水域，補水量太小起不到凈化效果，而提高補水量又造成水資源的大量浪費，費用高昂。所以“引水釋污”只是起到一個“治標不治本”暫緩效果，對于富營養(yǎng)化嚴重的湖泊，采用“引水釋污”不是一個長久之計。
②底泥疏浚??“清淤挖泥”可減少積存湖內的大量有機碳、氮、磷等營養(yǎng)物質，增大湖的蓄水量，是減少內源性污染的有效途徑和措施。但是大規(guī)模清淤，可能會破壞湖泊原有的生物種群結構和生境，削弱其自凈功能，對生態(tài)修復帶來負面影響。
③圍隔攔截??只能限制藍藻繁殖面積擴大，達不到治理藍藻的效果。
⑵直接物理除藻
直接物理法除藻主要指機械清除、吸附、曝氣和氣浮、磁聚除藻、超聲波和電磁波除藻、遮光、過濾、人工打撈等多種方法。
①人工打撈??人工打撈收獲藻類是控制藍藻總量最直接的方式，能有效減輕局部水華災害，在收獲藻類的同時起到輸出營養(yǎng)物的作用，減輕藻體死亡分解引起的藻毒素污染。由于人工打撈收集手段落后，時間有限，導致效率低、費用高。
②機械除藻??機械除藻是將藻類從湖泊中移出的一種機械方式，一般應用在藍藻富集區(qū)（借助風向、風力等將藍藻圍欄集中在某一區(qū)域）,采用固定式除藻設施和除藻船對區(qū)域內湖水進行循環(huán)處理，有效清除浮藻層，為化學或生物除藻等措施的實施創(chuàng)造條件，可以作為輔助措施。
③其他方法??目前的其他物理除藻方法也都存在效率低、成本高、不能大規(guī)模除藻等弊端，離實際應用還存在差距。例如用活性炭吸附，對藻類、藻毒素的去除效果很好，但水中的有機物會影響活性炭的吸附活性，在大面積范圍內使用很難回收再生，處理成本就很高。深水曝氣雖然能使湖底層水體中NH3、TP?濃度下降,?溶解氧（DO）濃度上升,?但葉綠素a含量卻沒有明顯變化。磁聚除藻、超聲波和電磁波除藻只適合水廠中小規(guī)模除藻，推廣困難，不能解決湖泊的富營養(yǎng)和藻類污染問題。
2.化學方法：
目前，常用的殺藻劑主要有硫酸銅、高錳酸鹽、硫酸鋁、高鐵酸鹽復合藥劑、液氯、ClO2、O3?和H2O2?等。利用化學殺藻劑除藻無疑是一種效果顯著、見效快的有效途徑,但這僅僅也是一種治標方法，必須慎重使用。一是用化學殺藻劑除藻后的藍藻尸體仍留在水體中，并不斷釋放藻毒素；二是化學殺藻劑本身往往都存在毒副作用，造成二次污染，對水體生物影響很大，使用化學藥劑后的河道不利于生物恢復；三是使用化學殺藻劑僅能在短時間內對水體中藻類有控制作用，由于不能徹底殺滅，時隔不久又死灰復燃，有時甚至變本加厲，對水體將是一種惡性循環(huán)。可以說，運用化學方法治理河道是“飲鴆止渴”。國家已經限制化學方法在河道治理中的使用。
3.生物方法：
生物方法治理藍藻原理：
利用藍藻生物抑制劑快速抑制藍藻的生長繁殖。它是從自然環(huán)境里篩選出來的對藍藻生長有抑制效果的微生物經過馴化培養(yǎng)而成。極易溶解在水中，能快速擴散到藍藻細胞表面，并滲透到細胞內部破壞細胞功能性蛋白基團，使細胞蛋白質合成受到抑制，細胞正常代謝終止，最終控制藍藻生長。
特點1——高效抑制
抑制藍藻生長能力很強，針對已經暴發(fā)藍藻水華的水體，該生物制劑對藍藻具有90%以上的抑制效果。
特點2——施工簡便，原位治理
采用生物法治理河道過程中使用的設備簡單，不需要大量人力進行打撈藍藻，即無需將藍藻轉移出水體，即可在水體內通過生化反應消解藍藻及藻毒素。所以施工方便，操作簡單，并且不會產生噪音，不影響周圍居民的正常生活。
特點3——產品綠色、環(huán)保、無公害
①生物產品不燃、不揮發(fā)、綠色、安全、無毒，無二次污染。
②配伍性好，該抑制劑由于無毒副作用，因此，可與其它生物制劑配合使用，具有協(xié)同增效作用。
③生物降解性極佳，該抑制劑在水體中抑制藍藻生長以后，不會有殘留。
注意：有些生物制劑是除草劑和抗生素冒充，會破壞水體環(huán)境，請謹慎識別生物產品
4.生物-生態(tài)修復技術
生態(tài)—生物方法是近年來發(fā)展起來的一種新型環(huán)境生物技術。這類技術主要是利用微生物、植物等生物的生命活動，對水中污染物進行轉移、轉化及降解作用，從而使水體得到凈化，創(chuàng)造適宜多種生物生息繁衍的環(huán)境，重建并恢復水生生態(tài)系統(tǒng)。由于這類技術具有處理效果好、工程造價相對較低、不需耗能或低耗能、運行成本低廉等優(yōu)點。同時不向水體投放藥劑，不會形成二次污染，還可以與綠化環(huán)境及景觀改善相結合，創(chuàng)造人與自然相融合的優(yōu)美環(huán)境，因此已成為水體污染及富營養(yǎng)化治理的主要發(fā)展方向。
生態(tài)—生物修復技術包括：微生態(tài)系統(tǒng)修復技術、人工濕地技術、浮島技術、植物操控技術，生態(tài)護堤技術，生態(tài)復氧技術、生態(tài)清淤技術、水生動物恢復和重建技術等。在實際工程應用中，可按照水體污染程度，水環(huán)境現狀及水體功能等考慮選用不同的技術組合，以呈現生態(tài)效益和經濟效益雙贏。