美國NCGR和海洋微生物咨詢委員會(huì)(Marine Microbial Initiative advisory committee)從世界各地選定了一些研究人員，挑選了跨越兩百種種屬的700種藻類，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。其中許多藻類都屬于超微物種：picoplankton，這些藻類遍及地球上幾乎所有的海洋，在吸收大氣中二氧化碳這一作用方面，與熱帶雨林同等重要。還有一些是有害藻類，比如引發(fā)赤潮，產(chǎn)生一種神經(jīng)毒素，造成貝類中毒的一些藻類。除此之外還有共生藻(Symbiotic algae)，譬如那些居住在珊瑚和?？?，作為大堡礁光合引擎的藻類。另外一些非光合作用微生物也被列入了測序名單，比如以藻類為食的海洋變形蟲和纖毛蟲，這些都是海洋食物鏈的重要組成部分。某些物種還會(huì)進(jìn)行多輪測序，包括不同時(shí)期或不同環(huán)境條件下的基因組序列測定，這將有助于研究人員分析藻類如何應(yīng)對(duì)壓力和氣候變化。
Nature雜志最新公布的就是 Bigelowellia natans 和Guillardia theta 的基因組，前者具有9500萬個(gè)核苷酸，而后者基因組的體積則為87Mb，并且這兩種基因組中大約有一半是其獨(dú)一無二的，也就是說沒有在其它物種中發(fā)現(xiàn)過。研究人員將這些基因組稱為“活化石”，因?yàn)樗鼈冞€殘留有nucleomorph。
文章的作者，加拿大達(dá)爾豪西大學(xué)的John Archibald教授表示，“這兩種藻類的基因組測序，是首個(gè)完成的cryptophyte和chlorarachniophyte的基因組測序，將有助于我們了解真核生物的進(jìn)化樹，以及光合作用的進(jìn)化過程。 ”所有這些真核微生物的基因組數(shù)據(jù)都將免費(fèi)公開，每位被選中的研究人員在組裝和注釋這些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)后，有6個(gè)月對(duì)于數(shù)據(jù)的獨(dú)占期，之后將會(huì)被存放在公共數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和Cyberinfrastructure for Advanced Mircobial Ecology Research and Analysis。
目前大部分的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)局限于細(xì)菌，動(dòng)物和陸地植物，而這一計(jì)劃將能補(bǔ)充大量數(shù)據(jù)，為單細(xì)胞遺傳研究鋪平道路，便于研究人員分析海洋藻類中不同的基因，及調(diào)控模式，反過來也有助于生物學(xué)家們了解這些生物如何在不同環(huán)境中存活，以及對(duì)于我們環(huán)境的影響。
