如何向NCBI提交藻種序列

(來自網(wǎng)絡(luò))

Sequin 向 NCBI 提交序列 。

Sequin下載

(下載頁面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

Sequin介紹

  1. 提交的是批量而且比較復(fù)雜的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜歡圖形的界面,有更的選項和功能,可以批量修改
  4. 獲得相關(guān)的分析工具
  5. 隨時可以保存

 

Sequin提交序列圖解教程

 

1,Sequin開始界面

開始一個新的提交或是選擇編輯已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好處就是你可以保存下來,可以隨時修改。直到滿意后再向NCBI提交。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

 

2,輸入Title,作者,聯(lián)系方式等

Title是必須的。自行添寫一個。然后點Next Page到Contact菜單,添加聯(lián)系方式。再Next Page,填寫作者等。能填寫的就填上,越詳細(xì)當(dāng)然是越好的。不知道的話可以跳過,因為后面也是可以重新修改的。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

3,添加序列

準(zhǔn)備一個Fasta格式的序列。保存在一個文件??梢赃x擇單個序列或是批量序列。其它的Type都是比較特殊,不常見。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

4,添加序列的注釋信息

上傳了序列之后,點擊Next Page繼續(xù)添加序列的信息,如屬于哪個物種的,序列注釋。有沒有蛋白序列等。這里也是一樣,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

5,GenBank格式的界面,最后修改

Edit菜單

上面的步驟都完了之后。出現(xiàn)一個GenBank格式的界面,如下圖。在這里,一切信息就一目了然。那里不對,需要修改的。雙擊就行了。另外,在Edit菜單比較修改作者、聯(lián)系方式等資料。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

Annotate菜單

在Annotate菜單可以添加序列的注釋,也可以批量添加。如加CDS區(qū),exon區(qū)等等。其格式可以參照其它序列的GenBank格式。

6,保存序列

如果在中途要臨時保存,在File菜單的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完畢后,選擇File/Submission。就會有一個提示框,提示把保存后的發(fā)送一封郵件到NCBI。

向NCBI提交藻種DNA序列
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7,發(fā)送郵件提交序列

把保存后的.sqn文件發(fā)到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。等待幾天,NCBI就會有回音的啦。

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