(來自網(wǎng)絡(luò))
用 Sequin 向 NCBI 提交序列 。
Sequin下載
(下載頁面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html)
Sequin介紹
- 提交的是批量而且比較復(fù)雜的序列
- you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
- 喜歡圖形的界面,有更的選項和功能,可以批量修改
- 獲得相關(guān)的分析工具
- 隨時可以保存
Sequin提交序列圖解教程
1,Sequin開始界面
開始一個新的提交或是選擇編輯已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好處就是你可以保存下來,可以隨時修改。直到滿意后再向NCBI提交。
2,輸入Title,作者,聯(lián)系方式等
Title是必須的。自行添寫一個。然后點Next Page到Contact菜單,添加聯(lián)系方式。再Next Page,填寫作者等。能填寫的就填上,越詳細(xì)當(dāng)然是越好的。不知道的話可以跳過,因為后面也是可以重新修改的。
3,添加序列
準(zhǔn)備一個Fasta格式的序列。保存在一個文件??梢赃x擇單個序列或是批量序列。其它的Type都是比較特殊,不常見。
4,添加序列的注釋信息
上傳了序列之后,點擊Next Page繼續(xù)添加序列的信息,如屬于哪個物種的,序列注釋。有沒有蛋白序列等。這里也是一樣,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。
5,GenBank格式的界面,最后修改
Edit菜單
上面的步驟都完了之后。出現(xiàn)一個GenBank格式的界面,如下圖。在這里,一切信息就一目了然。那里不對,需要修改的。雙擊就行了。另外,在Edit菜單比較修改作者、聯(lián)系方式等資料。
Annotate菜單
在Annotate菜單可以添加序列的注釋,也可以批量添加。如加CDS區(qū),exon區(qū)等等。其格式可以參照其它序列的GenBank格式。
6,保存序列
如果在中途要臨時保存,在File菜單的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完畢后,選擇File/Submission。就會有一個提示框,提示把保存后的發(fā)送一封郵件到NCBI。
7,發(fā)送郵件提交序列
把保存后的.sqn文件發(fā)到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。等待幾天,NCBI就會有回音的啦。