如何向NCBI提交藻種序列

(來自網(wǎng)絡(luò))

Sequin 向 NCBI 提交序列 。

Sequin下載

(下載頁面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html

Sequin介紹

  1. 提交的是批量而且比較復(fù)雜的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜歡圖形的界面,有更的選項(xiàng)和功能,可以批量修改
  4. 獲得相關(guān)的分析工具
  5. 隨時(shí)可以保存

 

Sequin提交序列圖解教程

 

1,Sequin開始界面

開始一個(gè)新的提交或是選擇編輯已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好處就是你可以保存下來,可以隨時(shí)修改。直到滿意后再向NCBI提交。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

 

2,輸入Title,作者,聯(lián)系方式等

Title是必須的。自行添寫一個(gè)。然后點(diǎn)Next Page到Contact菜單,添加聯(lián)系方式。再Next Page,填寫作者等。能填寫的就填上,越詳細(xì)當(dāng)然是越好的。不知道的話可以跳過,因?yàn)楹竺嬉彩强梢灾匦滦薷牡摹?/p>

向NCBI提交藻種DNA序列
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3,添加序列

準(zhǔn)備一個(gè)Fasta格式的序列。保存在一個(gè)文件??梢赃x擇單個(gè)序列或是批量序列。其它的Type都是比較特殊,不常見。

向NCBI提交藻種DNA序列
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4,添加序列的注釋信息

上傳了序列之后,點(diǎn)擊Next Page繼續(xù)添加序列的信息,如屬于哪個(gè)物種的,序列注釋。有沒有蛋白序列等。這里也是一樣,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。

向NCBI提交藻種DNA序列
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5,GenBank格式的界面,最后修改

Edit菜單

上面的步驟都完了之后。出現(xiàn)一個(gè)GenBank格式的界面,如下圖。在這里,一切信息就一目了然。那里不對,需要修改的。雙擊就行了。另外,在Edit菜單比較修改作者、聯(lián)系方式等資料。

向NCBI提交藻種DNA序列
向NCBI提交藻種DNA序列

Annotate菜單

在Annotate菜單可以添加序列的注釋,也可以批量添加。如加CDS區(qū),exon區(qū)等等。其格式可以參照其它序列的GenBank格式。

6,保存序列

如果在中途要臨時(shí)保存,在File菜單的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完畢后,選擇File/Submission。就會(huì)有一個(gè)提示框,提示把保存后的發(fā)送一封郵件到NCBI。

向NCBI提交藻種DNA序列
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7,發(fā)送郵件提交序列

把保存后的.sqn文件發(fā)到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov。等待幾天,NCBI就會(huì)有回音的啦。

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