淡水超微真核藻全基因組測序首次完成
超微型浮游藻類（粒徑≤3μm）簡稱超微藻，廣泛分布于海洋和淡水生態(tài)系統(tǒng)中，在水生生態(tài)系統(tǒng)尤其是微食物環(huán)中起著重要作用。它們具有更高的CO2固定效率，對水體初級生產(chǎn)力的貢獻量可高達90%，并且其潛在的混合營養(yǎng)代謝功能對浮游細菌的種群具有重要調(diào)控作用。Mychonastes homosphaera是長江中下游富營養(yǎng)化湖泊（巢湖，鄱陽湖）常見的優(yōu)勢超微真核藻，但其對富營養(yǎng)化湖泊的適應(yīng)及進化機制尚未得到闡明。中國科學(xué)院南京地理與湖泊研究所史小麗研究團隊基于流式細胞分選技術(shù)及劃線分離法，成功獲得Mychonastes homosphaera藻株，并對分離自典型富營養(yǎng)化湖泊巢湖的超微真核藻Mychonastes homosphaera進行PacBio三代測序，首次完成湖泊超微真核藻全基因組測序工作，揭示了Mychonastes homosphaera對富營養(yǎng)化湖泊的進化及適應(yīng)機制。
（1）團隊利用PacBio三代測序技術(shù)對Mychonastes homosphaera全基因組進行測序，獲得了5.8 Gb有效序列，組裝出了Contig N50為2 Mb的24.23 Mb基因組序列?；蚪M注釋結(jié)果顯示20.13%的序列為重復(fù)序列，蛋白編碼基因6649個。
?。?）基因組相關(guān)代謝通路構(gòu)建結(jié)果表明，Mychonastes homosphaera不僅有高效的營養(yǎng)及光能利用機制，還具有特有的低溫適應(yīng)機制，闡明了其在巢湖冬季優(yōu)勢的機理。
?。?）通過比較基因組學(xué)，分析了Mychonastes homosphaera和其他藻類基因組中油脂合成代謝途徑基因的組成和拷貝數(shù)，解釋了Mychonastes homosphaera高油脂含量的原因。而廣泛的碳源選擇、高效的光合速率和旺盛的生長速率，讓Mychonastes homosphaera成為微藻能源生產(chǎn)的潛力藻種。
?。?）Mychonastes homosphaera基因家族，基因間隔以及內(nèi)含子數(shù)目的減少，揭示了藻類進化過程中“Genome streamlining”現(xiàn)象。
Mychonastes homosphaera基因組測序的完成，為藻類基因組學(xué)研究提供豐富的數(shù)據(jù)資源，有助于藻類適應(yīng)和進化機制研究，進一步闡述超微藻在湖泊系統(tǒng)中扮演的生態(tài)角色。
相關(guān)研究成果以“Genome analyses provide insights into the evolution and adaptation of the eukaryotic Picophytoplankton Mychonastes homosphaera”為題發(fā)表在BMC Genomics（DOI:10.1186/s12864-020-06891-6）。相關(guān)研究工作得到了國家自然科學(xué)基金項目資助。基因組信息存儲于NCBI數(shù)據(jù)庫中（BioProject number：PRJNA556117）。
